I lavori di costruzione del complesso iniziarono negli anni venti del Cinquecento, per volere di Andrea Doria, valente ammiraglio e uomo d’armi leggendario. Il Palazzo è qualificato da un raffinato ciclo decorativo, frutto dell’incontro tra il committente Andrea ed un artista dal linguaggio colto ed aggiornato come Perin del Vaga. L’artista, allievo di Raffaello e protagonista della scena artistica romana negli anni precedenti al Sacco di Roma (1527), realizzò nella Villa uno dei cicli pittorici rinascimentali più importanti del nord Italia.